Seria ta składa się właściwie z dwóch odrębnych tematycznie części. W pierwszej części na Ziemi pojawia się para Obcych o imionach Earl (lub Ail) oraz Ann. Ukrywają się oni pod ludzkimi postaciami rodzeństwa Seijuurou i Natsumi Ginga. Ich celem jest zdobywanie ludzkiej energii na potrzeby Drzewa Zła i Ciemności. W tej misji pomagają im tworzone z kart tarota demony - Cardian, które Earl ożywia muzyką swego czarodziejskiego fletu. Nasze bohaterki (za sprawą Luny) na nowo odkrywają swoje moce i znów stają się Czarodziejkami. Walcząc z demonami Cardian zdobywają nowe umiejętności i potężniejsze zaklęcia. W ich walce pomaga im tajemniczy Książe Księżycowej Poświaty.
Pod koniec pierwszej części tej serii dowiadujemy się więcej o parze Obcych. Pochodzą oni z innej planety, na której kiedyś życie było spokojne i szczęśliwe. Do czasu pojawienia się na niej nasion Drzew Ciemności. Drzewa te pozbawiły mieszkańców wszystkich dobrych uczuć a także i wolnej woli. Już jako niewolnicy wyruszali oni w kosmos, aby dalej rozsiewać potworne nasiona. Jednak okazało się, że Earl i Anna nie byli do końca pozbawieni szlachetnych uczuć takich jak miłość i współczucie. Dzięki temu wspólnie z Czarodziejkami udaje im się zniszczyć Drzewo Ciemności. Po tym, już wolni, odlatują oni gdzieś w kosmos.
W drugiej części (rozpoczynającej się od 60 odcinka) pojawia się Chibi Usa (córka przyszłej królowej Serenity, czyli Czarodziejki z Księżyca i księcia Endymiona - Mamoru), przysłana z przyszłości, z XXX-wiecznego Kryształowego Tokio, by zdobyć pomoc Czarodziejek potrzebną dla obrony jej miasta przed Bractwem Czarnego Księżyca. Ci jednak przybywają zaraz za ChibiUsą z przyszłości, dowodzeni przez księcia Diamanda i tajemniczego Mędrca. Bractwo chce opanować już teraz ważne punkty Tokio, aby tym samym zapewnić sobie zwycięstwo w XXX-wieku. Jednak pod koniec serii Czarodziejce z Księżyca wspomaganej przez resztę wojowniczek udaje się przemienić złe siostry Keremesite, Petz, Beruche i Calaverite na powrót w normalne kobiety. Później Czarodziejki niszczą ogromny statek kosmiczny Rubeusa a dalej udają się w przyszłość, aby dokończyć walkę i zniszczyć złego księcia Diamanda i Esmeraldę. W tym momencie pojawia się nowa tajemnicza Czarodziejka z Plutona, będąca strażniczką Wrót Czasoprzestrzeni, przez które musiały przejść Czarodziejki, aby przenieść się w przyszłość i po wygranej walce wrócić znów do współczesności.