W tej serii znów pojawiajś się długo oczekiwane Czarodziejki z Urana, Neptuna i Plutona oraz Czarodziejka z Saturna a wszystkie dziewczęta zdają do tej samej wyższej szkoły Średniej Yuuban.
Pierwsze sześć odcinków tej serii to właściwie dokończenie poprzedniej historii o Nehelenii.
Nehelenia bowiem znów zostaje uwolniona ze swojego więzienia w zwierciadle i za podszeptem tajemniczego głosu, który złamał zaklęcie, rozbija swoje czarne zwierciadło zła i nienawiści, którego drobne odłamki spadajś na Ziemię. Odłamki trafiają wielu ludzi w mieście, a jeden z nich dostaje się do oka Mamoru. Wszyscy oni zaczynają zachowywać się bardzo dziwnie. Zaczynają unikać światła i towarzystwa innych ludzi, bez przerwy za to patrząc się w swoje odbicie w lustrze. Podobny los spotyka Mamoru. Gdy Usagi wraz z towarzyszkami przychodzi do mieszkania Mamoru, w jednym z luster pojawia się królowa Nehelenia i przeciąga go na drugą stronę lustra. Wyjaśnia się, że w ramach zemsty chce ona odebrać Usagi wszystko, co tylko ona kocha. Maomoru znajduje się pod czarem Nehelenii, a ChibiUsa zaczyna znikać (tu wyjaśnienie: ChibiUsa to córka Usagi i Mamoru pochodząca z przyszłości. Gdyby więc Mamoru pozostał pod władzą Nehelenii, nie mógłby on ożenić się z Usagi, a zatem nie przyszłaby też na świat ChibiUsa. Stąd istnienie ChibiUsy zależy od losu Mamoru.) Nehelenia stwierdza, że jeżeli Usagi chce odzyskać ukochanego, to musi to uczynić do świtu, gdyż później zaklęcie się utrwali i nie będzie już możliwości uratowania go. Usagi rusza więc w pogoń za Nehelenią, a reszta czarodziejek podąża za Usagi, aby w miarę możliwości chronić księżniczkę.
Jednak walcząc rozdzielone w krainie Nehelenii w końcu wszystkie zostają uwięzione w lustrach. Nehelenia pozostawia jedynie Usagi, aby móc sycić się widokiem jej klęski. Gdy jednak Usagi patrzy na nią nie z nienawiścią, lecz ze smutkiem, oraz prosi, aby Nehelenia zemściła się tylko na niej, puszczając wolno jej przyjaciółki, Nehelenia zawahała się, co spowodowało zdjęcie zaklęcia z Mamoru oraz uwolnienie wszystkich Czarodziejek. Okazuje się, że Nehelenia dlatego stała się zła, gdyż nigdy w życiu nie miała żadnego przyjaciela, zawsze była samotna, nie miała nikogo, kogo mogłaby prosić o pomoc, zwierzyć się mu... W takiej sytuacji Czarodziejki wspólnie przekazują Nehelenii ogromną energię, która cofa ją znów do czasów jej dzieciństwa, otrzymując szansę powtórnego życia, tym razem sprawiedliwego i dobrego.
Druga część rozpoczyna się od pożegnania Mamoru i Usagi. Mamoru bowiem, ze względu na wyróżniającą się pracę dyplomową, uzyskał stypendium w USA, gdzie ma przebywać około roku. W czasie pożegnania wręcza załamanej Usagi pierścionek zaręczynowy. Oboje zapewniają się o swojej miłości i obiecują pamiętać i czekać na siebie. Wkrótce z lotniska startuje samolot, zabierając na pokładzie Mamoru...
Pojawiają się również trzy nowe Gwiezdne Czarodziejki : Czarodziejka Walki, Czarodziejka Ocalenia i Czarodziejka Swobody. Zupełnie niepodobne w ubiorze do Czarodziejek Srebrnego Księżyca, tworzą nierozłączną jak na razie trójkę. Co ciekawsze w normalnym życiu są to chłopcy, trzej bracia należący do zespołu muzycznego "Trzy gwiazdy". Ich imiona to odpowiednio : Seiya, Yaten i Taiki. W niebezpiecznych momentach pojawiają się, wspierając Czarodziejki w walce z wysłannikami złej Galaxii. Pierwszym z nich jest Żelazna Mysz. Gdy jednak nie udaje się jej wykonać powierzonego zadania, zostaje ona unicestwiona przez Galaxię a jej miejsce zajmują dwie nowe wrogie postacie : Alumina Seren (Aluminum Siren) i Ognista Czarodziejka (Lead Crow).
Usagi zaprzyjaźnia się z Seiyš z zespołu "Trzy gwiazdy" (gdyż chodzą oni do tej samej szkoły). Poza tym pojawia się nowa postać - mała ChibiChibi, o której właściwie nic nie wiadomo. Z czasem okazuje się, że ChibiChibi również jest czarodziejką-wojowniczką i daje ona Usagi nową moc. Alumina Seren zostaje zlikwidowana przez Galaxię a jej miejsce zajmuje nowa czarownica Tin Nyanko, ostro rywalizująca z Ognistą Czarodziejką.
Wyjaśnia się, że Gwiezdne Czarodziejki są przybyszami z innej planety (Planety Pachnących Oliwek) zniszczonej przez Galaxię a ich zadaniem jest odnalezienie ich Księżniczki, która schroniła się na Ziemi. Usagi coraz bardziej zbliża się do Seiyii, co wywołuje nawet oburzenie u pozostałych czarodziejek. Niechętni są też temu Yaten i Taiki.
W końcu Gwiezdne Czarodziejki odnajdują swoją Księżniczkę, ale jest to początek końca, gdyż niedługo po tym do akcji wkracza Galaxia, której udaje się uśmiercić Księżniczkę i odebrać jej gwiezdne ziarno. Od tego momentu zaczyna się straszna, gdyż prawie beznadziejna walka garstki Czarodziejek z wszechpotężną Galaxiš. Giną w niej po kolei Czarodziejki z Merkurego, Wenus, Jowisza, Marsa. Dowiadujemy się też, że nie żyje także Mamoru. Mimo perfidnego podstępu, który kosztował życie Czarodziejek z Saturna i Plutona również Czarodziejkom z Urana i Neptuna nie udaje się pokonanie Galaxii, gdyż jak się okazało nie ma ona swojego gwiezdnego ziarna! Zginęły więc także Uran i Neptun. Dowiadujemy się w końcu, że Galaxia również była wojowniczką-czarodziejką i to najpotężniejszą we Wszechświecie, i że to ona dawno temu pokonała Chaos i uwięziła go w swoim ciele. Chcąc się zabezpieczyć pozbyła się ona swojego gwiezdnego ziarna i nakazała mu lecieć gdzieś, gdzie znajdzie ono miłość i sprawiedliwość... Jednak chaos powoli przejął kontrolę nad Galaxią i wtedy zaczęła ona po kolei odbierać wszystkim stworzeniom we Wszechświecie ich gwiezdne ziarna, aby stać się jego niepodzielną władczynią. Nie było mocy mogącej ją powstrzymać oprócz mocy jej własnego gwiezdnego ziarna (nazywanego Promykiem Nadziei). Okazało się, że owym Promykiem Nadziei jest... Chibi-Chibi. Dzięki niej Usagi staje do walki z Galaxią, ale nie niszczy jej lecz "ewangelicznie" zło dobrem zwycięża i uwalnia Galaxię z władzy Chaosu. Dzięki temu ze zgromadzonych przez nią gwiezdnych ziaren może ona na nowo przywrócić życie wszystkim ofiarom. Dzięki temu Usagi odzyskała wszystkie drogie jej osoby a w Galaktyce znów powróciło życie.