W tej serii Czarodziejki znów muszą zjednoczyć swe siły w walce z nowym wrogiem. Tym razem jest nim opętany profesor Souichi Tomoe, który wraz z pięcioma pomagającymi mu wiedźmami tworzy Bractwo Śmierci. Nazwa bardzo trafna, gdyż ich celem była zagłada Świata. Dokonać chcieli tego przy pomocy trzech Talizmanów, przedmiotów o wielkiej sile, ukrytych w kryształach czystych ludzkich serc. Połączone razem, miały one spowodować pojawienie się Graala - magicznego pucharu o ogromnej sile działania. Przy jego pomocy przebudzony Mesjasz Ciszy i Ciemności mógłby zniszczyć cały świat, lecz znalazłszy się w dobrych rękach mógł on świat od zła uchronić. Talizmanów ukrytych w kryształach ludzkich serc poszukiwały pomagające Profesorowi wiedźmy, wspierając się w razie zagrożenia tworzonymi przez niego daimonami. Pierwszą pomocnicą była Eudial, lecz gdy zdobyła a później utraciła trzy Talizmany zostaje ona wyeliminowana przez kolejną wiedźmę, Mimete, która uszkodziła jej hamulce samochodu. Gdy Mimete również nie udaje się zdobycie trzech Talizmanów, "zastępuje" ją następna wiedźma, Telulu a później na podobnej zasadzie pałeczkę przejmuje Villuy.
Talizmanów szukają również nowe nierozłączne Czarodziejki z Urana i Neptuna. Ich celem nadrzędnym jest odnalezienie Talizmanów a potem Mesjasza Dobra, dla osiągnięcia go gotowe są nawet poświęcić życie ( w dodatku nie tylko swoje ...). W końcu okazuje się, że dwa z Talizmanów ukryte były w kryształach serca ich samych. Lustro i Miecz znajdowały się w sercach odpowiednio Czarodziejki z Neptuna i Urana. Trzeci z klejnotów znajdował się na końcu laski-klucza Czarodziejki z Plutona, która również pojawiła się i dołączyła do poszukiwań. Dzięki temu możliwe stało się zmaterializowanie Graala, który służył odtąd Czarodziejce z Księżyca do przemiany w Superczarodziejkę. Pozostało jeszcze odnalezienie Mesjasza Dobra. Bractwo Śmierci odnalazło w tym czasie Mesjasza Ciszy i Ciemności. Okazała się nim córka profesora Tomoe - Hotaru. Jest ona serdeczną przyjaciółką ChibiUsy oraz jak się później okazało, również ostatnią brakującą czarodziejką - Czarodziejką z Saturna, posiadającą szczególnie wielką moc niszczenia. Gdy Czarodziejki z Urana, Neptuna i Plutona dowiadujš się, kim jest Hotaru próbują ją unieszkodliwić, jednak ChibiUsa broni jej za wszelką cenę i próbuje udowodnić niewinność swojej koleżanki. Hotaru jednak za sprawą Bractwa Śmierci zostaje przemieniona w złą Mistress Nine, która używając swej mocy przywołuje z innego wymiaru na Ziemię Pharaoh 90, potężną istotę, której przyjęcie będzie równoznaczne z końcem świata. W międzyczasie Czarodziejkom udaje się uwolnić profesora Tomoe od kontrolującego go demona. Dzięki sile przyjaźni ChbiUsy, wielkiemu sercu Usagi i łzom ojca, w Hotaru budzi się moc Czarodziejki z Saturna, która swoją ogromną niszczycielską siłę obraca przeciw nadchodzącemu Pharaoh 90. Zostaje on pokonany, a Hotaru, która zginęła w tej walce odradza się jako mała dziewczynka.
Odnalazłszy Usagi i rozpoznawszy w niej księżniczkę, uważając swoje zadanie za skończone, Czarodziejki z Urana, Neptuna i Plutona wyjeżdżają z miasta. Małą Hotaru opiekuje się jej ojciec - prof. Tomoe.